تأسست كلية ماري بالدوين في عام 1842 على يد القس روفوس دبليو بيلي باسم كلية أوغوستا للإكليريكية النسائية، وهي أقدم كلية نسائية في البلاد تابعة للكنيسة المشيخية. اكتمل تشييد أول مبنى لها، وهو الآن مبنى الإدارة، في 1844 ، وأضيفت أجنحة في 1857. وبفضل رواقه المصمم على الطراز الدوري وجدرانه المبنية من الطوب المطلي باللون الكريمي، فقد رسخ صرح النهضة اليونانية صورة معمارية حافظت عليها المدرسة منذ ذلك الحين. كانت ماري جوليا بالدوين مديرة المدرسة في السنوات الصعبة التي تلت الحرب الأهلية. وقد أدخلت منهجاً دراسياً على المستوى الجامعي، وأُطلق عليها لقب "أفضل رجل أعمال في ستاونتون". ازدهرت المدرسة تحت إشرافها وتم تغيير اسمها تكريماً لها في 1895. خضع المبنى الرئيسي لكلية ماري بالدوين، الذي يضم الآن مكتب الرئيس والمكاتب الإدارية الأخرى، للترميم في 1997-98.